Dosta je tragova koji pouzdano govore da se čovjek ovdje nastanio vrlo rano – još prije 2.500 godina - prvenstveno zbog rude bakra i željeza. U doba Ilira tu je pleme Mezeja, u čijem su susjedstvu Delmati i Desidijati. Za vladavine Rimljana, početkom naše ere, ovuda prolazi važan put koji povezuje Dalmaciju (Salona) sa Panonijom (Servitium). Izbijao je kod Mliništa i išao do Bočca, a odavde Vrbasom prema sjeveru. Postojalo je još nekoliko puteva - ka Kotoru, Šipovu, Jezeru... Niklo je više naselja. Tragovi i fragmenti otkriveni su u Starom Selu (rimski žrtvenik), Bjelajcu (nadgrobni spomenik sa tekstom), Majdanu (kasnoantička bazilika), Peckoj (rimsko utvrđenje), Mednoj (bronzana glava Meduze) i još ponegdje. Najznačajnije naselje, neka vrsta centra, bila je Leusaba, oko izvora Vra?enca pod Grabežom (srednjovjekovno Varcarevo).

U srednjem vijeku, još uvijek na važnim putevima, ovo je dio župe Donji Kraji, koja pripada feudalcima Stipaničima-Hrvatinićima. Na tri suprotne tačke mrkonjičkog područja drže se i danas ostaci triju srednjovjekovnih gradova-tvr?ava:

Grad Sokol nad kanjonom Sokočnice (Plivine pritoke), koji je Tvrtko I Kotromanić poklonio 1366. zajedno sa plivskom Župom i Donjim Krajima Vukcu Hrvatiniću za izuzetnu vojničku pobjedu nad Ugrima, u tom kanjonu 1363. godine;

Prizrenac (ili Prizren), visoko na desnoj strani vrletnog kanjona Sane, sa ogromnim vidikom prema Ključu i Mliništima. Bio je tvrđava-osmatračnica, što mu i ime kaže. (Narodna tradicija veže ga za legendarnu, "Crnu kraljicu", veoma često ime u legendama Bosne i Hercegovine). Spominje ga 1530. Benedikt Kuripešić, putujući u Stambol kao član vojno-diplomatske misije be?kog dvora;

Bočac, nad kanjonom Vrbasa, kao jedna od najvažnijih fortifikacija vrbaškog odbrambenog sistema. (Spominje se, zajedno sa crkvom, prvi put 1446. godine).

Naselje Mrkonjić Grad na sadašnjem mjestu nastaje 1593. godine, kada je tu podigao svoj vakuf (zadužbinu) sultanov kizlar-aga Đukanović (u narodu prozvan Krzlar-aga) porijeklom iz obližnjih Kotlina, iz porodice Đukanovića. Uzet je kao "danak u krvi", a kada je odvo?en u Carigrad - po predanju - ovdje su vojnici ubili njegovog oca. Krzlar-aga je sagradio džamiju, 24 dućana, musafirhanu sa 20 dimnjaka, hamam, pekaru, mekteb i vodovod, za koji je voda dovedena sa Lisine smrčevim cijevima - tomrucima (zamijenjeni metalnim tek 1899. godine). Posebnom vakufnamom (zakladna povelja, čuva se u Zemaljskom muzeju u Sarajevu) ostavio je 690.000 akči za unapređenje trgovine i zanatstva, za izdržavanje musafirhane u kojoj je svaki putnik (i njegov konj) bio gost 24 sata. Mjesto je nazvano Jenidže kasaba - Novi grad. Kasnije, naseljavanjem porodica iz Jele?a i starog Varcareva, dobija ime Varcarev Vakuf, zatim Varcar-vakuf. Godine 1925. ime je promijenilo, u Mrkonjić Grad, u spomen na srpskog vladara Petra I Karađorževića koji je, kao Petar Mrkonjić, učestvovao u bosansko-hercegova?kom ustanku 1875. godine.

Grad spominje u svojim zapisima 1660. godine poznati turski putopisac Evlija Čelebija, navodeći da su ga spalili uskoci Stojana Jankovića. Požari haraju, takođe, 1883. i 1925. godine. Od 1849. do 1851. godine u Varcaru je službovao fra Ivan Frano Jukić (1818-1857), istaknuta li?nost preporoda. On je ovdje osnovao i vodio prvu svetovnu školu i pokrenuo prvi bosanski književni časopis "Bosanski prijatelj".

Burno vrijeme narodnih ustanaka 1875. i 1878. godine vezano je i za ovdašnje ljude. Uz otpor je dočekana austrougarska okupacija 1878. godine, a ono što se dalje događa, sve do prvog svjetskog rata, dio je sudbine čitave Bosne i Hercegovine.

Socijalni jaz, nastao za vrijeme Austro-Ugarske, još više je produbljen između 1918. i 1941. godine.

Za Mrkonjić Grad i njegovu okolinu godine pred drugi svjetski rat obilježavaju potpunu ekonomsku zaostalost, veliku nezaposlenost, nepismenost... Grad čak nije imao ni električnu struju. Sa područja opštine, učešće u NOB uzeo je veliki stanovnika, među kojima su neki proglašeni i narodnim herojima. Prvi ustanički pucnji odjeknuli su 29. jula 1941. godine, kada su napadnuta i zauzeta neprijateljska uporišta u Črdaku i Mliništima. Dan kasnije razoružani su i žandari u Gerzovu. Partizani oslobađaju prvi put Mrkonjić Grad 28. avgusta 1941. i drže ga u svojim rukama nekoliko dana. Partizanske jedinice su grad oslobađale 39 puta u toku drugog svjetskog rata, što je jedinstveno u čitavoj bivšoj Jugoslaviji. Grad je, 25. novembra 1943. godine, bio domaćin Prvog zasjedanja Zemaljskog antifašističkog vijeća narodnog oslobođenja Bosne i Hercegovine (ZAVNOBiH).

U partizanskim jedinicama sa ovog područja bilo je 1.800 boraca (palo ih je 525). Kao žrtve fašističkog terora stradala su 1.902 Mrkonjićana, uništeno je 1.200 zgrada, među kojima sve škole i javni objekti.

Područje mrkonjičke opštine nije poštedeo ni najnoviji rat, koji je pratio raspad SFRJ, 90-tih godina dvadesetog vijeka. Pored velikih razaranja, poginuo je i raselio se veliki broj stanovnika, a uništen je i veći dio industrije.