Godine 1593. počeo se rađati grad kakvog znamo danas. Sultanov kizlaraga - u ovdašnjem narodu poznat kao Krzlaraga - rodom Đukanović iz Kotlina, „rukovođen potrebom i Ijubavlju prema rodnom kraju“, podiže svoju zadužbinu - vakuf - na Kolobari (tada šumski proplanak, po predaji mjesto na kojem je Krzlaragin otac poginuo od vojnika koji su dječaka odvodili u Stambol); džamiju (po uzoru na Alipašinu u Sarajevu), 24 dućana, musafirhanu sa 20 dimnjaka, vodovod (koji bi doveden smrčevim tomrucima s Lisine, i svojoj svrsi je služio sve do 1899. kad su austrijske vfasti izgradile novi, od tučena željeza), hamam, pekaru i mekteb, te ostavlja 690.000 akči kao fond za unapredenje zanatstva i trgovine. Vakufnamom Krzlaraga je odredio i osigurao sredstva za musafirhanu (da u njoj svaki putnik ima „jedan red" - 24 sata - bespitanu hranu i konak, za sebe i za konja), materijalnu godišnju pomoć mektebskoj djeci, i sredstva za održavanje svih vakufskih institucija. Opremio je - za ono vrijeme bogatu - kjutubhanu (knjižnicu), od koje ima u džamiji i danas 50-ak knjiga i rukopisa. (Vakufnama - Krzlaragina zakladnica - čuva se danas u Zemaljskom muzeju u Sarajevu). Novi grad (tako se na turskom isprva zvao - Jendže kasaba) nastao je doseljavanjem iz Jeleča (Majdan i Hoćune) i integracijom sa drevnim naseljem Varcarevom. Tako se rađalo i učvrstilo i ime - Varcarev Vakuf, pa Varcar Vakuf, koje će grad nositi do 1925. godine. Zamisao Krzlaragina očito nije samo plod emocionalne vezanosti za rodni kraj nego i ekonomski veoma mudra i dalekovidna, jer novim gradom čitavo područje dobija svoj gravitacijski centar za duga stoljeća, do danas. Kroz historiju razvijaće se ovdje harmoničan kontrapunkt dvaju oblika života - gradskog i seoskog - koje do modernog doba ni u čemu nije bilo moguće jasno razlučiti. Ta dva oblika nedjeljiva su dijalektička sprega kolektivnih zakonitosti - jedan i jedinstven život. Neki oblici harmoniranja tih dviju komponenata ugasili su se, naravno, u modernim uvjetima života, ali neki i dan-danas uporno traju, pokazujući svoju vitalnost, a sežu duboko u prošlost, možda još ilirsku, prethistorijsku:
- turma - gonjenje blaga na udaljene vašare drevnim putovima (otuda, i danas sačuvan, naziv „turmanski put", „kiridžijski put");
- robna razmjena izmedu težaka i zanatlija, bilo za sirovinu, bilo za poljoprivredne proizvode;
- kesim - davanje blaga iz grada na ispašu i brigu na selo;
- derneci - robni 8. septembra (Mala Gospojina) i stočni 21. novembra (Aranđelovdan)
- pazarni dan - ponedjeljak (na Rudinama i nekad na Kolobari, u centru grada, a danas na posebno izgradenom trgovištu);
- posebne prijateljske veze izmedu određenih gradskih i seoskih porodica („dosluk"), koje potječu ko zna otkad i zbog kakvih, zaboravljenih, razloga, ali se čvrsto održavaju U oblasti kulture ova sprega dala je još bogatiju, šarolikiju stvarnost: u nošnji, pjesmi, arhitekturi, mentalitetu, običajima, pa i u jeziku, postoji obilje specifičnih razlika izmedu gradske i seoske kulture, a i između pojedinih seoskih okruga. Kad se u tu sliku uvrsti i raznovrsnost (ovdje podjednako zastupljena) triju konfesionalno-etničkih komponenata - muslimanske, hrvatske i srpske - onda je još jasnije kakvo obilje nadopunjujućih specifičnosti razvija ovaj kraj od davnine. U ovo vrijeme (od 16. stoljeća na dalje) uobličavali su se i drevni nazivi dijelova grada: Imamovac (mahala Imamovića, po prvom vakufskom imamu), Meet (po maloj drvenoj džamiji - mesdžidu), Kolobara (staro trgovište), Zavakuf (dio grada iza vakufa), Rijeka (Rika), Zborišće (mjesto za zborove), Uspolje (put prema Trijebovu preko vrela Suljinovac), i mnogi drugi nazivi manjih cjelina - mahala. Gradom je u jesen 1660. prošao čuveni turski putopisac Evlija Čelebija i ostavio o njemu zapis koji citiramo u cjelini:

Kasaba Varcar Vakuf
Bošnjaci je zovu Varcar Vakuf. To je has paše i vojvodstvo u Bosanskom ejaletu, a nalazi se pod Crnom Gorom (u originalu Karadag - op. red.) Sa zapadne strane graniči s teritorijom Zadra. To je velika varoš. Ima jedanaest mahala i dvije hiljade daskom pokrivenih kuća s vinogradima i baščama. Ima više džamija i mesdžida, jednu tekiju, hamam i dovoljan broj dućana. Ovaj kraj je vrlo blizu granice a naokolo nema nijednoga grada. Kad je Sejdi Ahmed paša bio bosanski valija (1656-1659), Mlečani su zapalili ovo naselje i mnoga mjesta poharali, ali ga je Sejdi Ahmed paša poslije lično izgradio. Otkako su na sve četiri strane postavljene karaule i otkako njeni stanovnici svaku noć naizmjenično drže stražu, postali su sigurni. Okolo šehera ima vrlo mnogo vinograda, a klima je vrlo prijatna. (Osim požara koji spominje Čelebija, a koji su izvršili uskoci Stojana Jankovića, grad je još dvaput gorio: 1883. i 1925. U ovom zadnjem uništen je golem broj kuća u riječkom kvartu.)

Evo jog nekoliko zanimljivih podataka iz 17, 18. i 19. stoljeća: U Hopovu čuvenom manastiru u Srijemu, čuva se knjiga popa Bogdana Čulića, koji za sebe u uvodu knjige kaže da je „iz Tribova, nahija Rogolji, u blizini Hadumova vakufa". Knjiga je pisana oko 1603. („Hadumov vakuf“ zato što u narodu živi predaja da je Krzlaraga bio kastrat.) U župnom uredu u Mrkonjić-Gradu čuva se originalni dokumenat - indulgencija (oprost) pape Inocenta XIII iz godine 1723. Oprost je imenovan na crkvu „Ecclesiam seu Cappelam SS. Philippi et Jacobi Apost. loci Varzaren Bosn..." (Ta je crkvica vjerojatno bila na Ćeliji - današnjem groblju, gdje se može vidjeti humak vještačkog oblika.). U Maticama jajačkog franjevačkog samostana zabilježene su dvije velike opidemije kuge sa popisom lica koja su umrla, izmedu ostaloga i u Varcaru. Godine 1731. umrlo je 20-ak osoba, a 1815. njih 299 s prezimenima: Vucić, Stipančić, Ćurić, Ambrožić, Ćorić, Plišić, Mićič, Perlak, Varvilo, Kasabašič, Banić, Dujić, Ivekić, Stipić, Demir, Plazonjić, Blažević, Breulj, Lokmić, Babić, Žura, Validžić, Harbia, Grgić, Kotromanović, Rastokić, Pejić, Iđotić itd. U Majdanu tadu ih jo urnrlo 157, u Perućici 20, u Šehovcima 21) i u Liskovici 72. Godine 1864. umro je u Gučoj Gori fra Grgo Kotromanović, rođen u „Demir mahali u Varcar Vakufu 1777.“ koji je učio škole u Italiji i bio „glazbenik, slikar i kipar“.

U crkvi u selu Gerzovu, „hramu Bogojavljenja i svega naroda“, čuva se sultanova dozvola za gradnju crkve, a nad vratima je uklesan natpis po kojemu se vidi da je crkva sagrađena 1858, za sultana Abdul Medžida. Za isto selo, ranije Prhovo, vezana je legenda o smrti junaka muslimanske epske pjesme Alije Đerzeleza, po kojemu su polje i selo dobili ime. Muslimanski živalj kraja čuva legendu i danas, i održava Đerzelezovo turbe. (Inače, Gerzovo je jedno od rijetkih sela u kojima se odavno održava jasna tendencija uključenosti u kulturni i politički ritam vremena. Već 1857. godine u tom selu postoji osnovna škola, što je u kontekstu razvoja seoskog školstva u osmanlijskom 19. stoljeću u Bosni zaista krupan datum. A za vrijeme bivše Jugoslavije Gerzovo je mjesto na momente sa življom političkom aktivnošću nego u nekim gradskim naseljima.)

Posebno poglavlje u historiji mrkonjićkog kraja je pitanje sastava i porijekla stanovništva. To pitanje čeka studioznu specijalističku obradu, a ovdje je moguće donijeti nekoliko globalnih navoda. Za vrijeme ranije od 18. stoljeća teško je u ovom pogledu reći bilo što pouzdano (osim onoga što je već rečeno o počecima novog, Krzlaraginog vakufa - da ga je naselilo stanovništvo starog Varcareva i Majdana - Hoćuna - prvo vjerojatno katoličko a drugo muslimansko). Međutim, kroz 17. i 18. stoljeće - vrijeme znatnih migracijskih procesa (u raznim pravcima) na zapadnom Balkanu, slika strukture stanovništva znatno se mijenja. I grad, a naročito seoska područja, bivaju tada naseljena katoličkim življem iz zapadne Bosne, Dalmatinske Zagore, i pravoslavnim iz Like, istočne Hercegovine, Crne Gore, a i iz susjednih područja - glamočkog i grahovskog. Međutim, bez obzira na ono što bi nauka o ovom pitanju mogla reći, u okviru ovakvog prikaza najviše imponira činjenica da taj čovjek - ma šta bio, ma otkuda došao i ma koga zatekao - evo već stoljećima žilavo i čestito živi na ovom komadiću zemlje, otimajući bogu i đavolu, dušmanu i nepogodi uvjete da živi i živeći čuva svoj egzistencijalni i moralni identitet.