Pripreme za ovu akciju već su uveliko poodmakle, kada se Rusija tome odlučno usprotivila i sprečila rad na dinastičkom prevratu. Knez Petar je vremenom uvideo da mu u ostvarenju njegovih pretenzija nije neophodna podrška političkih stranaka. Umesto toga, govorio je da Obrenovići rade za njega, očekujući da će ga njegovo ime i poreklo, kao i prilike u zemlji, učiniti neophodnim kandidatom za srpski presto.
27. avgusta 1887. godine kneginja Zorka rodila je sina Đorđa. Njegovo rođenje donekle je uticalo na poboljšanje odnosa između kneza Petra i njegovog tasta, kome je ovo bio prvi unuk. Međutim, radost zbog detetovog rođenja uskoro je ponovo zamenjena pređašnjom surevnjivošću. Knez Nikola nije pokazivao nikakvog obzira prema svome zetu i njegovoj porodici kada su bili u pitanju materijalni i politički interesi. Već sledeće godine, 4. decembra, rodio se i drugi sin Aleksandar. Međutim, svega nekoliko dana kasnije, porodica je primila tužnu vest o smrti Petrovog brata, kneževića Đorđa. Njegova smrt je prdstavljala veliki udarac za kneza Petra i u finansijskom pogledu. Ipak, iako Đorđe testamentom nije Petru ostavio nikakvu gotovinu, znatno mu je olakšao stvari naloživši da se Petar oslobodi svih dugova. To je bila velika olakšica, pošto se smatralo da su dugovi dosezali značajne sume. Na taj način oslobođen je zavisnosti od kneza Nikole, a po Evropi je mogao slobodno putovati, bez straha od poverilaca.
U to vreme dolazi do značajnih promena i na srpskoj političkoj sceni. Kralj Milan je abdicirao, a vlast je u ime maloletnog Aleksandra i u skladu sa ustavom, preuzelo namesništvo na čelu sa Ristićem, ogorčenim protivnikom Karađorđevića. Knez Petar nije uspeo da politički profitira na račun promena u Srbiji, kako se prvobitno nadao. Naprotiv, povlačenje Milanovo dovelo je do zbližavanja Srbije i Crne Gore što mu generalno nije išlo u prilog.
Februara 1890. godine porodicu Karađorđevića zadesila je velika nevolja. Nekoliko dana nakon rođenja trećeg sina Andreja, kneginja Zorka je preminula usled povišene temperature. Ubrzo je smrt odnela i tek rođenog Andreja. Smrt kneginje Zorke označila je novu etapu, kako u privatnom, tako i političkom životu kneza Petra.
Našavši se pred dilemom da li da ostane u Crnoj Gori ili pođe u Evropu, knez Petar se odlučio za ostanak, prvenstveno zbog nezadovoljavajuće finansijske situacije. Boravak u Crnoj Gori značio je čamotinju i odricanje od mnogo čega, pre svega od političke delatnosti do koje mu je bilo stalo.
Ostavši udovac sa malom decom, živeo je povučeno, izbegavao je susrete i razgovore s ljudima. Često je putovao po Evropi kako bi sredio svoje finansije, ali i našao nove saveznike. U međuvremenu, radikali u Srbiji postaju lojalni kralju Aleksandru i njegovoj politici. Stoga se Petar okreće raznim antiobrenovićkim elementima u inostranstvu, bez obzira na njihovu stranačku opredeljenost. Kako je u ovo vreme živeo u Cetinju, prilično udaljenoj evropskoj prestonici, trudio se da bude redovno obavešten o glavnim evropskim strujanjima i događajima. Bio je preplaćen na više listova, a takođe, dosta je i čitao, prvenstveno filozofska dela. Iz njegove beležnice može se videti da su kneza Petra posebno zanimala pitanja o uzajamnoj sprezi vojske i države. Upravo iz ovih beleški vidi se da je bio zaljubenik u lepu reč i snažnu misao, kao i to da je bio izraziti realista koji je razum držao iznad osećanja. Nastojao je da poboljša i oplemeni svoju ličnost, pa je u ovo vreme naučio Morzeovu i Brajovu azbuku.
U leto 1894. godine knez Petar je obavio neophodne pripreme za odlazak iz Crne Gore i prelazak u Švajcarsku. Savremenici navode nekoliko oprečnih rezloga koji su naveli kneza da pređe u Ženevu. Vojvoda Gavro Vuković govori da je potreba da se deca obrazuju predstavljala samo ,,izgovor pred javnošću'', a da su drugi razlozi prevagnuli. Nepodnošljiva situacija u kojoj se našao i raskinute veze sa crnogorskim dvorom bile su presudne. I pored toga, odnosi između dva kneza pred javnošću ostali su nepomućeni jer je to bilo u obostranom interesu.
Nakon deset godina provedenih u Cetinju knez Petar se i fizički promenio. Kad je došao u Crnu Goru bio je mlad, naočit čovek, u punoj snazi. Pred polazak u Ženevu izgledao je sasvim drugačije. Jedan savremenik ga je opisao ovim rečima: ,,Bio je mršav čovek, okrugle glave, prosed, srednjeg rasta, crnih brčića, izbrijane brade i živih pronicljivih očiju.'' Od evropskog bonvivana pretvorio se u načitanog, učenog i meditaciji sklonog čoveka.
U Ženevi su deca nastavila školovanje. Knez Petar je bio strog otac koji je veliku pažnju poklanjao obrazovanju i vaspitanju. U toku sledećih nekoliko godina on je uspeo da u potpunosti popravi svoju finansijsku situaciju što mu je omogućilo da se posveti aktivnoj političkoj borbi. U više navrata je odlazio u Rusiju da bi ispitao stav ruske vlade prema kralju Aleksandru i mogućnosti izvođenja prevrata u Srbiji. Čini se da je u Moskvi dobio ohrabrenje i podsticaj za svoje planove. Takođe, situacija u Srbiji postajala je sve povoljnija za pretendenta. Kralj Aleksandar je bio u otvorenom sukobu sa ocem zbog svoje namere da se oženi udovicom Dragom Mašin. Produbljivanje jaza između oca i sina dovelo je do slabljenja uticaja i autoriteta vladajuće dinastije. Uprkos protivljenju najvećeg dela javnosti do venčanja je došlo 21. jula 1900. godine. Nekoliko meseci kasnije u Beču je umro Milan Obrenović. To je bio više nego povoljan momenat za ostvarenje dugogodišnjih nastojanja kneza Petra da zavlada Srbijom. Austo-Ugarska je Milanovom smrću izgubila važnog saveznika i više nije bila protiv pretenzija Karađorđevića. Rusija se takođe držala vrlo hladno prema kralju Aleksandru. Sam knez Petar je bio svestan novonastale situacije i odlučno se dao u politički manevar.
Vladavinom kralja Aleksandra bio je nezadovoljan narod, ali i vojska. Protiv kralja Alekandra i kraljice Drage sklopljena je zavera u kojoj su uzeli učešća najviši vojni krugovi. Najverovatnije da je i sam knez Petar bio obavešten o pripremi zavere. Posle nekoliko neuspelih pokušaja, zaverenici su stupili u konačnu akciju. Rano izjutra, 29. maja 1903. Aleksandar i Draga su ubijeni i time je čitava stvar završena. Majskim prevratom Obrenovići su sišli sa istorijske pozornice kraljevine Srbije. Na događaje u Srbiji, Rusija i Austrougarska reagovale su vrlo hladno. I jedna i druga vlada su smatrale da na srpski presto treba da dođe Petar Karađorđević. Ostalo je zabeleženo da je car Franja Josip na vest o prevratu u Srbiji, izjavio da se to i dalo očekivati posle Aleksandrove ženidbe sa Dragom, koja je bila ,,zao duh kraljev, a nesreća Srbije''.
Dolaskom u Beograd, 24. juna 1903. godine završila se mukotrpna borba Petra Karađorđevića za stupanje na srpski presto, koja je trajala preko tri decenije. Od ovog datuma počinje novi period u njegovom životu koji će takođe biti ispunjen brojnim i burnim događajima.
